💻Tutoriel de connexion

Cette page décrit comment se connecter à un espace de travail distant à l’aide de l’application cliente MEDomics.

Prérequis

• L’ordinateur sur lequel vous installerez et utiliserez le serveur doit être configuré pour pouvoir utiliser SSH et disposer d’un utilisateur prêt à être utilisé.

• Assurez-vous de connaître l’adresse IP ou le nom de domaine (par exemple dans le cas d’une station de travail universitaire) de l’ordinateur auquel vous vous connecterez, ainsi que les informations d’identification utilisées pour vous connecter à l’utilisateur compatible SSH.

• Si vous exécutez le serveur sur un appareil Linux, il peut y avoir des problèmes de connexion dus aux règles du pare-feu. Veuillez vous référer à la section de dépannage pour tenter quelques correctifs.

Configuration d’un espace de travail distant :

1. Accédez au modal de connexion :

Ouvrez le menu de connexion en utilisant soit le bouton près du bas de la page d’accueil (disponible uniquement si aucun espace de travail n’est sélectionné), soit celui de la barre latérale (toujours disponible) :

2. Connectez-vous à l’ordinateur distant :

Utilisez la page 1 du modal de connexion pour configurer un tunnel SSH vers le PC distant qui exécutera le serveur (ou l’exécute déjà) :

Saisissez le nom de domaine ou l’adresse IP de l’ordinateur auquel vous vous connecterez dans le premier champ, puis le nom d’utilisateur et le mot de passe (s’il y en a un) de l’utilisateur que vous utiliserez dans les champs correspondants.

Le bouton « Se connecter » devrait être activé une fois que les deux premiers champs contiennent une valeur valide, et vous pouvez cliquer dessus pour tenter de vous connecter au serveur avec les informations d’identification fournies.

Des notifications en bas à droite de votre écran ainsi qu’un texte sous les informations de connexion devraient apparaître pour vous informer du statut et du résultat de la tentative de connexion. Si une connexion est établie avec succès, le modal devrait passer automatiquement à la page 2. Vous pouvez utiliser les boutons « Suivant/Précédent » près du bas du modal pour revenir à la page 1 si vous souhaitez fermer la connexion SSH plus tard.

3. Installer ou mettre à jour le serveur

Après être passé à la page 2 du modal de connexion, l’état du serveur sur l’ordinateur auquel vous vous êtes connecté lors des étapes précédentes sera vérifié automatiquement. Le client vérifiera si :

• le serveur est installé et localisable (sous [home]/.medomics/medomics-server/versions/) via SSH

• le serveur fonctionne en effectuant une requête Express de test sur une plage de ports par défaut (5000-8000, en commençant par les plus bas car le comportement par défaut est de le lancer sur 5010) sur l’ordinateur distant

Le résultat de la vérification de l’état sera indiqué en haut à droite du modal et débloquera/modifiera certains boutons en conséquence. Par exemple, voici à quoi cela devrait ressembler lorsque le serveur n’est pas installé sur l’ordinateur distant :

Commencez par installer le serveur (ou le mettre à jour si nécessaire), ce qui téléchargera la dernière version « server » depuis la page GitHub de MEDomics et l’installera sur l’ordinateur distant. Une fois prêt, l’indicateur texte en haut à droite devrait devenir « Serveur distant localisé mais inaccessible. »

4. Démarrer le serveur et gérer les dépendances

Une fois le serveur installé et à jour, sélectionnez le port distant sur lequel vous souhaitez qu’il démarre en utilisant la zone de saisie (le bouton « Vérifier le port » peut être utilisé pour s’assurer que rien ne tourne déjà dessus), puis cliquez sur le bouton « Démarrer le serveur ». L’interface devrait se mettre à jour pour afficher les résultats du lancement, et devrait ressembler à ceci si le serveur a été correctement démarré :

Les dépendances devraient être vérifiées automatiquement quelques secondes après le lancement du serveur. Si Python et MongoDB apparaissent toujours comme manquants, cliquez sur le bouton « Installer les éléments manquants » pour que le serveur les installe sur l’ordinateur distant.

Vous pouvez obtenir des informations supplémentaires concernant le serveur dans le panneau du serveur distant situé en bas du modal de connexion ou en bas de l’application lorsqu’un espace de travail distant est chargé :

Une fois que les dépendances sont satisfaites, la page 3 devrait se débloquer pour l’étape finale.

5. Sélectionner ou créer l’espace de travail distant

Dans la page 3 du modal de connexion, le navigateur de répertoires distant est utilisé pour sélectionner l’emplacement d’un espace de travail distant. Cliquez simplement sur les dossiers pour naviguer entre les répertoires ou sur l’option « .. » en haut pour revenir en arrière d’un niveau.

Un dossier comme celui montré ci‑dessus, avec des dossiers « .medomics », « DATA » et « EXPERIMENTS », a déjà été utilisé auparavant comme espace de travail. Si vous sélectionnez un emplacement sans ces dossiers, ils seront générés afin de permettre l’utilisation de cet emplacement comme espace de travail.

Une fois dans l’emplacement souhaité, cliquez sur « Définir comme espace de travail » pour que le serveur distant initialise un espace de travail et les services requis en utilisant cet emplacement. Cela prendra quelques secondes, puis le modal de connexion se fermera si tout se passe correctement. Vous êtes maintenant dans un espace de travail distant !

6. Quitter ou changer d’espace de travail distant

Si un espace de travail distant est connecté, vous pouvez revenir au modal de connexion en utilisant ce bouton dans la barre latérale, en haut à droite de l’application :

Naviguez de nouveau jusqu’à la page 3 du modal et cliquez sur le bouton « Quitter l’espace de travail » pour effacer l’espace de travail et revenir à l’état de base de l’application. Alternativement, vous pouvez aussi naviguer vers un autre espace de travail et cliquer sur « Définir comme espace de travail » pour basculer vers cet emplacement d’espace de travail.

Disponibilité des modules en espace de travail distant :

Certains modules ne seront pas encore disponibles s’ils n’ont pas été correctement testés ou refactorisés pour une utilisation en ligne. Si vous ouvrez un module et voyez cette page :

Veuillez revenir pour l’instant à un espace de travail local, des mises à jour arriveront plus tard pour débloquer ce module pour une utilisation distante.

Signalement de bugs/problèmes :

Si vous trouvez de nouveaux bugs ou problèmes liés à l’utilisation d’un espace de travail distant et de ses modules, veuillez signaler le problème ici, nous contacter directement ou ouvrir un fil de discussion GitHub.