MEDprofiles
Ce composant du module d'entrée inclut tous les outils nécessaires pour lancer le processus MEDprofiles.
MEDprofiles est actuellement désactivé car il n'a pas passé tous les contrôles de stabilité ; cependant, il sera disponible dans de futures versions.
Le Composant « Préparer les données » de MEDprofiles est accessible sur la Module d'entrée page et ressemble à ceci :
2. Créez ou sélectionnez votre table maître
La table maître est le point d'entrée du processus MEDprofiles . Il s'agit d'un fichier CSV qui doit respecter le format suivant :
Les noms de colonnes doivent être 'PatientID', 'Date', 'Time_point', et les autres doivent contenir '_'.
La première ligne (après les noms de colonnes) doit contenir 'string' ou 'num' en première position, 'datetime.date' en deuxième position, et 'num' pour toutes les autres.
La première colonne (à l'exclusion de la première ligne) doit contenir des chaînes ou des entiers.
La deuxième colonne (à l'exclusion de la première ligne) doit contenir des valeurs datetime.
La troisième colonne (à l'exclusion de la première ligne) doit contenir des valeurs nulles ou entières.
Les autres colonnes (à l'exclusion de la première ligne) doivent contenir des valeurs numériques.
Si vous avez déjà créé une table maître, elle sera détectée automatiquement et vous devriez pouvoir la sélectionner dans la troisième zone de saisie (voir figure ci-dessous). Si ce n'est pas le cas, ce composant vous permettra d'en créer une. Selon vos actions dans l'application, différentes options seront disponibles :
Sélectionner des fichiers CSV : Si vous avez généré des données d'embedding à l'aide du module d'extraction, les fichiers générés apparaîtront dans la liste et vous pourrez sélectionner ceux à utiliser pour la création de la table maître.
Sinon, la liste de la zone d'entrée sera vide. Dans ce cas, si vous souhaitez utiliser le composant de préparation des données MEDprofiles, vous devrez explorer le module d'extraction et générer des données qui respectent le format de la table maître (reportez-vous aux tutoriels des pages d'extraction pour plus d'informations).
Cette section est divisée en deux sous-parties : l'une pour la création de la table maître et l'autre pour la sélection de la table maître.
2.1. Créez votre table maître
Vous devez sélectionner les fichiers que vous souhaitez inclure dans votre table maître. Ensuite, vous pouvez choisir le nom sous lequel vous souhaitez enregistrer votre table maître. Le nom par défaut est 'master_table.csv'. Il est important que le nom choisi se termine par l'extension CSV. Si certains de vos fichiers sélectionnés contiennent des colonnes avec des incompatibilités de type (par exemple, si vos identifiants de patients sont des nombres dans certains fichiers et des chaînes dans d'autres), un avertissement apparaîtra et vous ne pourrez pas poursuivre la création de la table maître. Dans ce cas, vérifiez vos types de données.
Si tout est en ordre, vous pouvez appuyer sur le bouton 'Créer la table maître'. Une fois le processus de création de la table maître terminé (ce qui prend généralement quelques secondes), un message apparaîtra en bas (voir figure ci-dessous), indiquant que la table maître a été générée et enregistrée dans la base de données mongoDB sous DATA/MEDprofiles/master_tables. Cela mettra également à jour la zone de sélection de la table maître.
Le bouton 'Créer la table maître' analysera également votre table maître sélectionnée et créera les classes qui seront associées à vos MEDprofiles (c.-à-d. les MEDclasses). Les classes créées seront enregistrées sous 'DATA/MEDprofiles/MEDclasses' et seront affichées dans l'application comme suit :
Les classes seront créées en fonction des noms de colonnes de la table maître.
Dans la table maître, les noms de colonnes respectent le format 'nomClasse_nomAttribut'.
2.2. Sélectionnez votre table maître
Ici, vous devez simplement sélectionner une table maître dans la liste des tables maîtres disponibles dans le dossier choisi. Si le sélecteur indique 'Aucun fichier CSV à afficher', cela signifie qu'aucun fichier CSV correspondant au format requis n'est disponible dans le dossier que vous avez sélectionné dans la première partie.
3. Instancier MEDprofiles
Une fois une table maître sélectionnée, vous pouvez instancier vos données de la table maître en tant que processus MEDprofiles. Vous pouvez choisir le nom sous lequel vous souhaitez que vos données soient enregistrées. Il est important que le nom de fichier se termine par l'extension '.pkl'.
Le processus d'instanciation des données MEDprofiles peut prendre quelques minutes. Pendant que le processus s'exécute, une barre de progression sera affichée, indiquant l'avancement du processus.
Si le bouton "Instancier MEDprofiles" est désactivé, assurez-vous d'avoir sélectionné une table maître dans la section 2 et que les MEDclasses générés sont affichés.
5. Visualisez vos données MEDprofiles
Pour ouvrir la figure MEDprofiles, vous devez sélectionner le fichier binaire MEDprofiles récemment créé (les fichiers au bon format sont détectés et ajoutés automatiquement à la liste).
Une fois un fichier binaire sélectionné, cliquez sur 'ouvrir le visualiseur MEDprofiles' pour accéder au visualiseur de données :
Si l'un des deux éléments (le dossier MEDclasses et/ou le fichier binaire MEDprofiles) ne contient pas d'éléments à sélectionner, assurez-vous que les étapes précédentes ont été complétées avec succès.
Consultez la page suivante pour en savoir plus sur le visualiseur MEDprofiles !
Visionneuse MEDprofilesMis à jour